基于生物信息学途径探究肝细胞癌的关键基因
【目的】采用生物信息学方法探究肝细胞癌（HCC）发生的关键基因，望有助于了解HCC发生发展的分子机制。【方法】从GEO数据库中选择基因表达谱GSE76427，该数据集包含115例肝癌组织样本和52例肝癌临近非肿瘤组织样本。通过GEO2R工具在线分析，筛选出肝癌组织中差异表达基因（DEG），利用GO数据库获取DEG的功能注释，利用KEGG数据库进行通路富集分析。基于STRING数据库，利用MCC算法，筛选具有高度连接性的关键基因,基于TCGA数据库在线软件分析关键基因的预后效应。【结果】共筛选出190个DEG，其中，上调基因有16个，下调基因有174个。功能富集分析显示，下调的差异基因显著富集于...
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| Main Authors: | , , |
|---|---|
| Format: | Article |
| Language: | zho |
| Published: |
Editorial Office of Journal of Sun Yat-sen University
2018-01-01
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| Series: | Zhongshan Daxue xuebao. Yixue kexue ban |
| Subjects: | |
| Online Access: | http://xuebaoyx.sysu.edu.cn/zh/article/43566415/ |
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| author | 曾洁 邓伟 黄天壬 |
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| description | 【目的】采用生物信息学方法探究肝细胞癌（HCC）发生的关键基因，望有助于了解HCC发生发展的分子机制。【方法】从GEO数据库中选择基因表达谱GSE76427，该数据集包含115例肝癌组织样本和52例肝癌临近非肿瘤组织样本。通过GEO2R工具在线分析，筛选出肝癌组织中差异表达基因（DEG），利用GO数据库获取DEG的功能注释，利用KEGG数据库进行通路富集分析。基于STRING数据库，利用MCC算法，筛选具有高度连接性的关键基因,基于TCGA数据库在线软件分析关键基因的预后效应。【结果】共筛选出190个DEG，其中，上调基因有16个，下调基因有174个。功能富集分析显示，下调的差异基因显著富集于细胞对铬离子、锌离子的反应，也可能参与环氧化酶P450途径和氧化还原反应等功能。下调的差异基因可能参与视黄醇的新陈代谢和矿物质的吸收等通路功能。筛选出15 个具有高度连接性的关键基因，发现CDC20、KIAA0101、PRC1、PTTG1 和UBE2C 等5个基因与乙肝相关性肝癌的患者总体生存率（OS）相关。PTTG1 的诊断效能最佳。【结论】CDC20、KIAA0101、PRC1、PTTG1 和UBE2C 可能在乙型肝炎病毒相关性肝癌的发生发展中发挥重要作用。 |
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| institution | Kabale University |
| issn | 1672-3554 |
| language | zho |
| publishDate | 2018-01-01 |
| publisher | Editorial Office of Journal of Sun Yat-sen University |
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| series | Zhongshan Daxue xuebao. Yixue kexue ban |
| spelling | doaj-art-f018958dbc574703a74070bc730364bc2025-01-15T02:36:42ZzhoEditorial Office of Journal of Sun Yat-sen UniversityZhongshan Daxue xuebao. Yixue kexue ban1672-35542018-01-013943566415基于生物信息学途径探究肝细胞癌的关键基因曾洁邓伟黄天壬【目的】采用生物信息学方法探究肝细胞癌（HCC）发生的关键基因，望有助于了解HCC发生发展的分子机制。【方法】从GEO数据库中选择基因表达谱GSE76427，该数据集包含115例肝癌组织样本和52例肝癌临近非肿瘤组织样本。通过GEO2R工具在线分析，筛选出肝癌组织中差异表达基因（DEG），利用GO数据库获取DEG的功能注释，利用KEGG数据库进行通路富集分析。基于STRING数据库，利用MCC算法，筛选具有高度连接性的关键基因,基于TCGA数据库在线软件分析关键基因的预后效应。【结果】共筛选出190个DEG，其中，上调基因有16个，下调基因有174个。功能富集分析显示，下调的差异基因显著富集于细胞对铬离子、锌离子的反应，也可能参与环氧化酶P450途径和氧化还原反应等功能。下调的差异基因可能参与视黄醇的新陈代谢和矿物质的吸收等通路功能。筛选出15 个具有高度连接性的关键基因，发现CDC20、KIAA0101、PRC1、PTTG1 和UBE2C 等5个基因与乙肝相关性肝癌的患者总体生存率（OS）相关。PTTG1 的诊断效能最佳。【结论】CDC20、KIAA0101、PRC1、PTTG1 和UBE2C 可能在乙型肝炎病毒相关性肝癌的发生发展中发挥重要作用。http://xuebaoyx.sysu.edu.cn/zh/article/43566415/肝细胞癌TCGAGEO关键基因 |
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