РАСКРЫТИЕ РЕГУЛЯТОРНОГО ПОТЕНЦИАЛА МИКРОСАТЕЛЛИТНЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ IN SILICO В GLYCINE MAX (L.) MERR.
Цель проделанной нами работы состояла в выявлении регуляторного потенциала микросателлитной некодирующей ДНК в отношении экспрессии генов. SSRs (Simple Sequence Repeats), в настоящее время используются для картирования и поиска генов, определения родства, системы баркодинга. Долгое время считалось,...
Saved in:
| Main Authors: | , |
|---|---|
| Format: | Article |
| Language: | English |
| Published: |
Cifra Publishing House
2025-06-01
|
| Series: | Journal of Bioinformatics and Genomics |
| Subjects: | |
| Online Access: | https://journal-biogen.org/archive/2-28-2025-june/10.60797/jbg.2025.28.1 |
| Tags: |
Add Tag
No Tags, Be the first to tag this record!
|
| _version_ | 1849318822378471424 |
|---|---|
| author | Пензин А.А. Тимкин П.Д. |
| author_facet | Пензин А.А. Тимкин П.Д. |
| author_sort | Пензин А.А. |
| collection | DOAJ |
| description | Цель проделанной нами работы состояла в выявлении регуляторного потенциала микросателлитной некодирующей ДНК в отношении экспрессии генов. SSRs (Simple Sequence Repeats), в настоящее время используются для картирования и поиска генов, определения родства, системы баркодинга. Долгое время считалось, что эти последовательности не участвуют в наследовании признака или его регуляции. Однако на сегодняшний день выявлены некоторые механизмы влияния некодирующих последовательностей на регуляцию экспрессии генов. Одним из таких механизмов являются участки ДНК, которые способны к связыванию с факторами транскрипции, называемыми энхансерами. Некодирующие участки генома растений, в частности соевых бобов, изучены слабо, и общее количество обнаруженных энхансерных последовательностей очень мало. Биоинформатический анализ известных SSRs у Glycine Max позволяет in silico обнаруживать предполагаемые регуляторные участки генома. Приведенная выше информация указывает на актуальность темы. В ходе проведенных исследований с использованием алгоритма iEnhancer-2L среди 935 SSRs, представленных в базе данных SOYBASE, был найден 101 возможный энхансер, из которых было отобрано 8 SSRs с большим количеством сильных энхансеров. В числе этих SSRs с помощью Unipro UGENE и пакета Sitecon было обнаружено 6 которые имели консенсусные сайты с факторами сайтов связывания транскрипции. Полученные данные будут полезны не только теоретически, но и как стратегия ускорения процесса селекции. Благодаря возможности поиска механизмов воздействия на участки, регулирующие уровень экспрессии генов, ответственных за полезные признаки. |
| format | Article |
| id | doaj-art-bb22c9a03ff0466ab899620cc0d7a389 |
| institution | Kabale University |
| issn | 2530-1381 |
| language | English |
| publishDate | 2025-06-01 |
| publisher | Cifra Publishing House |
| record_format | Article |
| series | Journal of Bioinformatics and Genomics |
| spelling | doaj-art-bb22c9a03ff0466ab899620cc0d7a3892025-08-20T03:50:44ZengCifra Publishing HouseJournal of Bioinformatics and Genomics2530-13812025-06-0128210.60797/jbg.2025.28.110.60797/jbg.2025.28.1РАСКРЫТИЕ РЕГУЛЯТОРНОГО ПОТЕНЦИАЛА МИКРОСАТЕЛЛИТНЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ IN SILICO В GLYCINE MAX (L.) MERR.Пензин А.А.0https://orcid.org/0000-0002-8578-9818Тимкин П.Д.1https://orcid.org/0000-0001-6655-1049Всероссийский научно-исследовательский институт соиВсероссийский научно-исследовательский институт соиЦель проделанной нами работы состояла в выявлении регуляторного потенциала микросателлитной некодирующей ДНК в отношении экспрессии генов. SSRs (Simple Sequence Repeats), в настоящее время используются для картирования и поиска генов, определения родства, системы баркодинга. Долгое время считалось, что эти последовательности не участвуют в наследовании признака или его регуляции. Однако на сегодняшний день выявлены некоторые механизмы влияния некодирующих последовательностей на регуляцию экспрессии генов. Одним из таких механизмов являются участки ДНК, которые способны к связыванию с факторами транскрипции, называемыми энхансерами. Некодирующие участки генома растений, в частности соевых бобов, изучены слабо, и общее количество обнаруженных энхансерных последовательностей очень мало. Биоинформатический анализ известных SSRs у Glycine Max позволяет in silico обнаруживать предполагаемые регуляторные участки генома. Приведенная выше информация указывает на актуальность темы. В ходе проведенных исследований с использованием алгоритма iEnhancer-2L среди 935 SSRs, представленных в базе данных SOYBASE, был найден 101 возможный энхансер, из которых было отобрано 8 SSRs с большим количеством сильных энхансеров. В числе этих SSRs с помощью Unipro UGENE и пакета Sitecon было обнаружено 6 которые имели консенсусные сайты с факторами сайтов связывания транскрипции. Полученные данные будут полезны не только теоретически, но и как стратегия ускорения процесса селекции. Благодаря возможности поиска механизмов воздействия на участки, регулирующие уровень экспрессии генов, ответственных за полезные признаки.https://journal-biogen.org/archive/2-28-2025-june/10.60797/jbg.2025.28.1glycine maxin silicossrs-локусыtfbsэнхансерыglycine maxin silicossrs locitfbsenhancers |
| spellingShingle | Пензин А.А. Тимкин П.Д. РАСКРЫТИЕ РЕГУЛЯТОРНОГО ПОТЕНЦИАЛА МИКРОСАТЕЛЛИТНЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ IN SILICO В GLYCINE MAX (L.) MERR. Journal of Bioinformatics and Genomics glycine max in silico ssrs-локусы tfbs энхансеры glycine max in silico ssrs loci tfbs enhancers |
| title | РАСКРЫТИЕ РЕГУЛЯТОРНОГО ПОТЕНЦИАЛА МИКРОСАТЕЛЛИТНЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ IN SILICO В GLYCINE MAX (L.) MERR. |
| title_full | РАСКРЫТИЕ РЕГУЛЯТОРНОГО ПОТЕНЦИАЛА МИКРОСАТЕЛЛИТНЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ IN SILICO В GLYCINE MAX (L.) MERR. |
| title_fullStr | РАСКРЫТИЕ РЕГУЛЯТОРНОГО ПОТЕНЦИАЛА МИКРОСАТЕЛЛИТНЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ IN SILICO В GLYCINE MAX (L.) MERR. |
| title_full_unstemmed | РАСКРЫТИЕ РЕГУЛЯТОРНОГО ПОТЕНЦИАЛА МИКРОСАТЕЛЛИТНЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ IN SILICO В GLYCINE MAX (L.) MERR. |
| title_short | РАСКРЫТИЕ РЕГУЛЯТОРНОГО ПОТЕНЦИАЛА МИКРОСАТЕЛЛИТНЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ IN SILICO В GLYCINE MAX (L.) MERR. |
| title_sort | раскрытие регуляторного потенциала микросателлитных последовательностей in silico в glycine max l merr |
| topic | glycine max in silico ssrs-локусы tfbs энхансеры glycine max in silico ssrs loci tfbs enhancers |
| url | https://journal-biogen.org/archive/2-28-2025-june/10.60797/jbg.2025.28.1 |
| work_keys_str_mv | AT penzinaa raskrytieregulâtornogopotencialamikrosatellitnyhposledovatelʹnostejinsilicovglycinemaxlmerr AT timkinpd raskrytieregulâtornogopotencialamikrosatellitnyhposledovatelʹnostejinsilicovglycinemaxlmerr |