Analisis Keanekaragaman Genetika dan Diferensiasi Jati Jawa dan Madura Berdasarkan Marka Mikrosatelit Untuk Mendukung Fingerprinting Jati
<p>Fingerprinting jati diperlukan untuk melengkapi data base konservasi plasma nutfah jati. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan informasi keanekaragaman genetika pohon jati berdasarkan marka mikrosatelit dan mengidentifikasi alel spesifik pada lokus tertentu yang dapat menjadi penciri k...
Saved in:
| Main Authors: | , , , |
|---|---|
| Format: | Article |
| Language: | English |
| Published: |
Universitas Negeri Semarang
2012-09-01
|
| Series: | Biosaintifika: Journal of Biology & Biology Education |
| Subjects: | |
| Online Access: | https://journal.unnes.ac.id/nju/index.php/biosaintifika/article/view/3929 |
| Tags: |
Add Tag
No Tags, Be the first to tag this record!
|
| _version_ | 1850170313724133376 |
|---|---|
| author | Mun Isyatul Millah Noor Aini Habibah Endah Suwarni Amin Rertoningsih |
| author_facet | Mun Isyatul Millah Noor Aini Habibah Endah Suwarni Amin Rertoningsih |
| author_sort | Mun Isyatul Millah |
| collection | DOAJ |
| description | <p>Fingerprinting jati diperlukan untuk melengkapi data base konservasi plasma nutfah jati. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan informasi keanekaragaman genetika pohon jati berdasarkan marka mikrosatelit dan mengidentifikasi alel spesifik pada lokus tertentu yang dapat menjadi penciri khas jati populasi Jawa dan Madura. Pada penelitian ini dilakukan identifikasi karakteristik jati plus (fingerprinting) secara molekuler menggunakan penanda mikrosatelit. Sampel diambil dari koleksi jati plus di Kebun Benih Klonal (KBK) di Jawa dan dari lokal Areal Produksi Benih (APB) Madura. Sampel diisolasi menggunakan metode CTAB. Amplifikasi DNA menggunakan 3 primer mikrosatelit dan hasilnya divisualisasi pada gel poliakrilamid dengan pewarnaan silver. Hubungan kekerabatan dianalisis melalui program NTSYSpc (Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis Sistem) versi 2.01. Hasil analisis menunjukkan tingkat keanekaragaman jati yang tinggi, didukung oleh nilai Observed Heterozigosity (Ho), Expected Heterozygosity (He), Polimorfism Information Content (PIC) dan koefisien diferensiasi genetika berturut-turut 0.5122; 0.6221; 0.5818; dan 0.0629. Hubungan kekerabatan melalui analisis dendogram menghasilkan koefisien kemiripan 0.3-1.00. Nilai keanekaragaman dalam populasi (HS), antar populasi (DST), dan nilai diferensiasi (G) berturut-turut adalah 0.5817, 0.0391, dan 0.0629. Dari hasil analisis disimpulkan bahwa tingkat keanekaragaman jati di Jawa dan Madura termasuk tinggi dan ada indikasi perbedaan genetika di dalam populasi lebih tinggi dibanding antar populasi.</p><p>Fingerprinting teak is required to complete the data base teak germplasm conservation. This research aimed to obtain information about the genetic diversity of teak based on microsatellite markers and identify specific allele at a particular locus can be distinctive identity identifier population of Java and Madura. In this research is to identify the characteristics of teak plus (fingerprinting) molecularly using microsatellite markers. Samples were taken from the collection of teak plus in Kebun Benih Klonal in Java and from Areal Produksi Benih Madura. Samples were isolated using the CTAB method. Amplification of DNA using microsatellite primer 3 and the results are visualized on a polyacrylamide gel by silver staining. Kinship analyzed through NTSYSpc program (Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis System) version 2:01. The analysis showed a high level of diversity teak, supported by Heterozigosity Observed value (HO), Expected Heterozygosity (He), polymorphisms Information Content (PIC) and genetic differentiation coefficient 0.5122 respectively; 0.6221; 0.5818; and 0.0629. Kinship through analysis dendogram generate similarity coefficient 0.3-1.00. The value of diversity in the population (HS), between populations (DST), and the value of differentiation (G) respectively are 0.5817, 0.0391, and 0.0629. From the analysis concluded that the level of diversity of teak in Java and Madura are high, and there are indications of genetic differences in the population is higher than among the population.</p> |
| format | Article |
| id | doaj-art-a2e1e3d6f5a44aeca9f8dbf27e72ba8c |
| institution | OA Journals |
| issn | 2085-191X 2338-7610 |
| language | English |
| publishDate | 2012-09-01 |
| publisher | Universitas Negeri Semarang |
| record_format | Article |
| series | Biosaintifika: Journal of Biology & Biology Education |
| spelling | doaj-art-a2e1e3d6f5a44aeca9f8dbf27e72ba8c2025-08-20T02:20:30ZengUniversitas Negeri SemarangBiosaintifika: Journal of Biology & Biology Education2085-191X2338-76102012-09-014210.15294/biosaintifika.v4i2.39293353Analisis Keanekaragaman Genetika dan Diferensiasi Jati Jawa dan Madura Berdasarkan Marka Mikrosatelit Untuk Mendukung Fingerprinting JatiMun Isyatul Millah0Noor Aini Habibah1Endah Suwarni2Amin Rertoningsih3Jurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Negeri Semarang, Indonesia. FMIPA UNNES Gd D6 Lt 1 Jln. Raya Sekaran- Gunungpati- Semarang 50229 Telp./Fax. (024) 8508033Jurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Negeri Semarang, Indonesia. FMIPA UNNES Gd D6 Lt 1 Jln. Raya Sekaran- Gunungpati- Semarang 50229 Telp./Fax. (024) 8508033Jurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Negeri Semarang, Indonesia. FMIPA UNNES Gd D6 Lt 1 Jln. Raya Sekaran- Gunungpati- Semarang 50229 Telp./Fax. (024) 8508033Jurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Negeri Semarang, Indonesia. FMIPA UNNES Gd D6 Lt 1 Jln. Raya Sekaran- Gunungpati- Semarang 50229 Telp./Fax. (024) 8508033<p>Fingerprinting jati diperlukan untuk melengkapi data base konservasi plasma nutfah jati. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan informasi keanekaragaman genetika pohon jati berdasarkan marka mikrosatelit dan mengidentifikasi alel spesifik pada lokus tertentu yang dapat menjadi penciri khas jati populasi Jawa dan Madura. Pada penelitian ini dilakukan identifikasi karakteristik jati plus (fingerprinting) secara molekuler menggunakan penanda mikrosatelit. Sampel diambil dari koleksi jati plus di Kebun Benih Klonal (KBK) di Jawa dan dari lokal Areal Produksi Benih (APB) Madura. Sampel diisolasi menggunakan metode CTAB. Amplifikasi DNA menggunakan 3 primer mikrosatelit dan hasilnya divisualisasi pada gel poliakrilamid dengan pewarnaan silver. Hubungan kekerabatan dianalisis melalui program NTSYSpc (Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis Sistem) versi 2.01. Hasil analisis menunjukkan tingkat keanekaragaman jati yang tinggi, didukung oleh nilai Observed Heterozigosity (Ho), Expected Heterozygosity (He), Polimorfism Information Content (PIC) dan koefisien diferensiasi genetika berturut-turut 0.5122; 0.6221; 0.5818; dan 0.0629. Hubungan kekerabatan melalui analisis dendogram menghasilkan koefisien kemiripan 0.3-1.00. Nilai keanekaragaman dalam populasi (HS), antar populasi (DST), dan nilai diferensiasi (G) berturut-turut adalah 0.5817, 0.0391, dan 0.0629. Dari hasil analisis disimpulkan bahwa tingkat keanekaragaman jati di Jawa dan Madura termasuk tinggi dan ada indikasi perbedaan genetika di dalam populasi lebih tinggi dibanding antar populasi.</p><p>Fingerprinting teak is required to complete the data base teak germplasm conservation. This research aimed to obtain information about the genetic diversity of teak based on microsatellite markers and identify specific allele at a particular locus can be distinctive identity identifier population of Java and Madura. In this research is to identify the characteristics of teak plus (fingerprinting) molecularly using microsatellite markers. Samples were taken from the collection of teak plus in Kebun Benih Klonal in Java and from Areal Produksi Benih Madura. Samples were isolated using the CTAB method. Amplification of DNA using microsatellite primer 3 and the results are visualized on a polyacrylamide gel by silver staining. Kinship analyzed through NTSYSpc program (Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis System) version 2:01. The analysis showed a high level of diversity teak, supported by Heterozigosity Observed value (HO), Expected Heterozygosity (He), polymorphisms Information Content (PIC) and genetic differentiation coefficient 0.5122 respectively; 0.6221; 0.5818; and 0.0629. Kinship through analysis dendogram generate similarity coefficient 0.3-1.00. The value of diversity in the population (HS), between populations (DST), and the value of differentiation (G) respectively are 0.5817, 0.0391, and 0.0629. From the analysis concluded that the level of diversity of teak in Java and Madura are high, and there are indications of genetic differences in the population is higher than among the population.</p>https://journal.unnes.ac.id/nju/index.php/biosaintifika/article/view/3929fingerprinting DNAteak differentiationteak microsatellite |
| spellingShingle | Mun Isyatul Millah Noor Aini Habibah Endah Suwarni Amin Rertoningsih Analisis Keanekaragaman Genetika dan Diferensiasi Jati Jawa dan Madura Berdasarkan Marka Mikrosatelit Untuk Mendukung Fingerprinting Jati Biosaintifika: Journal of Biology & Biology Education fingerprinting DNA teak differentiation teak microsatellite |
| title | Analisis Keanekaragaman Genetika dan Diferensiasi Jati Jawa dan Madura Berdasarkan Marka Mikrosatelit Untuk Mendukung Fingerprinting Jati |
| title_full | Analisis Keanekaragaman Genetika dan Diferensiasi Jati Jawa dan Madura Berdasarkan Marka Mikrosatelit Untuk Mendukung Fingerprinting Jati |
| title_fullStr | Analisis Keanekaragaman Genetika dan Diferensiasi Jati Jawa dan Madura Berdasarkan Marka Mikrosatelit Untuk Mendukung Fingerprinting Jati |
| title_full_unstemmed | Analisis Keanekaragaman Genetika dan Diferensiasi Jati Jawa dan Madura Berdasarkan Marka Mikrosatelit Untuk Mendukung Fingerprinting Jati |
| title_short | Analisis Keanekaragaman Genetika dan Diferensiasi Jati Jawa dan Madura Berdasarkan Marka Mikrosatelit Untuk Mendukung Fingerprinting Jati |
| title_sort | analisis keanekaragaman genetika dan diferensiasi jati jawa dan madura berdasarkan marka mikrosatelit untuk mendukung fingerprinting jati |
| topic | fingerprinting DNA teak differentiation teak microsatellite |
| url | https://journal.unnes.ac.id/nju/index.php/biosaintifika/article/view/3929 |
| work_keys_str_mv | AT munisyatulmillah analisiskeanekaragamangenetikadandiferensiasijatijawadanmaduraberdasarkanmarkamikrosatelituntukmendukungfingerprintingjati AT noorainihabibah analisiskeanekaragamangenetikadandiferensiasijatijawadanmaduraberdasarkanmarkamikrosatelituntukmendukungfingerprintingjati AT endahsuwarni analisiskeanekaragamangenetikadandiferensiasijatijawadanmaduraberdasarkanmarkamikrosatelituntukmendukungfingerprintingjati AT aminrertoningsih analisiskeanekaragamangenetikadandiferensiasijatijawadanmaduraberdasarkanmarkamikrosatelituntukmendukungfingerprintingjati |