تجزیه و تحلیل غنی سازی مجموعه های ژنی جهت شناسایی مناطق ژنومی مرتبط با سازگاری محیطی در برخی از نژادهای گوسفندان ایرانی
پژوهش حاضر با هدف مطالعه ارتباط ژنومی (GWAS) بر اساس تجزیه و تحلیل غنیسازی مجموعههای ژنی جهت شناسایی جایگاههای ژنی مؤثر بر صفات سازگاری با شرایط محیطی با استفاده از اطلاعات آرایههای ژنومیOvine high-density 600K Illumina انجام شد. بهاین منظور از اطلاعات ژنوتیپی 139 رأس گوسفندان بومی ایرانی ش...
Saved in:
| Main Authors: | , , , , |
|---|---|
| Format: | Article |
| Language: | fas |
| Published: |
University of Guilan
2025-07-01
|
| Series: | تحقیقات تولیدات دامی |
| Subjects: | |
| Online Access: | https://ar.guilan.ac.ir/article_8667_0923d6311d79d671d16f09f6c1c39675.pdf |
| Tags: |
Add Tag
No Tags, Be the first to tag this record!
|
| _version_ | 1849686187310055424 |
|---|---|
| author | علی نوروزی محمدحسین مرادی حسین محمدی امیر حسین خلت آبادی فراهانی علی اسمعیلی زاده کشکوئیه |
| author_facet | علی نوروزی محمدحسین مرادی حسین محمدی امیر حسین خلت آبادی فراهانی علی اسمعیلی زاده کشکوئیه |
| author_sort | علی نوروزی |
| collection | DOAJ |
| description | پژوهش حاضر با هدف مطالعه ارتباط ژنومی (GWAS) بر اساس تجزیه و تحلیل غنیسازی مجموعههای ژنی جهت شناسایی جایگاههای ژنی مؤثر بر صفات سازگاری با شرایط محیطی با استفاده از اطلاعات آرایههای ژنومیOvine high-density 600K Illumina انجام شد. بهاین منظور از اطلاعات ژنوتیپی 139 رأس گوسفندان بومی ایرانی شامل نژادهای کرمانی (15 رأس)، سنجابی (14 رأس)، لریبختیاری (15 رأس)، قزل (15 رأس)، قرهگل (15 رأس)، سیاهکبود (15 رأس)، کبوده شیراز (9 راس)، افشاری (14 رأس)، شال (15 رأس) و بلوچی (12 رأس) استفاده شد. ابتدا، تجزیه GWAS برای صفات مورد مطالعه در برنامه PLINK انجام شد. سپس، ژنهای معنیداری که در داخل و یا 50 کیلوباز بالا و پاییندست نشانگرهای معنیدار قرار داشتند، شناسایی شدند. در نهایت، تفسیر مجموعه ژنی با هدف شناسایی عملکرد زیستی ژنهای نزدیک به مناطق انتخابی از مسیر پایگاههای بیوانفورماتیکی مختلف انجام شد. نتایج نشان داد که بهترتیب 2431، 2244 و 2145 نشانگر SNP با صفات سازگاری با شرایط محیطی گرمسیری-سردسیری، پراکنش در مناطق با ارتفاع بالا-پایین از سطح دریا و پوشش بدنی پشمی-پوستی در گوسفندان بومی ایران مرتبط هستند (05/0>P). با تجزیه و تحلیل غنیسازی مجموعههای ژنی، مسیرهای زیستی (و ژنهای کاندیدای) مربوط به پاسخ دفاعی به عفونتهای باکتریایی (HSPA4L، DNAJB4 و MSRB3)، تنظیم پاسخ ایمنی بهواسطه ایمونوگلوبولینها (IL27A، TRAF3IP2 و LY96)، تنظیم فرآیند سیستم رشد و اتصالات سلولی (BMP2، THBS1 و MYH10)، تنظیم اندازه ساختار آناتومی (FGF2 و ACTR3)، تنظیم استخوانسازی و توسعه اندام (PTBP1 و TMEM117)، و رشد اپیدرم پوست و پشم (KRT71، KR27 و KR25) شناسایی شدند. در مجموع، نتایج تحقیق حاضر میتوانند دیدگاه جدیدی در رابطه با معماری ژنتیکی صفات سازگاری در برنامههای اصلاحنژادی گوسفندان کشور فراهم آورند. |
| format | Article |
| id | doaj-art-9ab7a7a2037f4fed96e6df500fc5fe43 |
| institution | DOAJ |
| issn | 2252-0872 2538-6107 |
| language | fas |
| publishDate | 2025-07-01 |
| publisher | University of Guilan |
| record_format | Article |
| series | تحقیقات تولیدات دامی |
| spelling | doaj-art-9ab7a7a2037f4fed96e6df500fc5fe432025-08-20T03:22:48ZfasUniversity of Guilanتحقیقات تولیدات دامی2252-08722538-61072025-07-0114211810.22124/ar.2025.29316.18768667تجزیه و تحلیل غنی سازی مجموعه های ژنی جهت شناسایی مناطق ژنومی مرتبط با سازگاری محیطی در برخی از نژادهای گوسفندان ایرانیعلی نوروزی0محمدحسین مرادی1حسین محمدی2امیر حسین خلت آبادی فراهانی3علی اسمعیلی زاده کشکوئیه4گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و محیط زیست، دانشگاه اراکگروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و محیط زیست، دانشگاه اراکگروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و محیط زیست، دانشگاه اراکگروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و محیط زیست، دانشگاه اراکگروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه شهید باهنر کرمانپژوهش حاضر با هدف مطالعه ارتباط ژنومی (GWAS) بر اساس تجزیه و تحلیل غنیسازی مجموعههای ژنی جهت شناسایی جایگاههای ژنی مؤثر بر صفات سازگاری با شرایط محیطی با استفاده از اطلاعات آرایههای ژنومیOvine high-density 600K Illumina انجام شد. بهاین منظور از اطلاعات ژنوتیپی 139 رأس گوسفندان بومی ایرانی شامل نژادهای کرمانی (15 رأس)، سنجابی (14 رأس)، لریبختیاری (15 رأس)، قزل (15 رأس)، قرهگل (15 رأس)، سیاهکبود (15 رأس)، کبوده شیراز (9 راس)، افشاری (14 رأس)، شال (15 رأس) و بلوچی (12 رأس) استفاده شد. ابتدا، تجزیه GWAS برای صفات مورد مطالعه در برنامه PLINK انجام شد. سپس، ژنهای معنیداری که در داخل و یا 50 کیلوباز بالا و پاییندست نشانگرهای معنیدار قرار داشتند، شناسایی شدند. در نهایت، تفسیر مجموعه ژنی با هدف شناسایی عملکرد زیستی ژنهای نزدیک به مناطق انتخابی از مسیر پایگاههای بیوانفورماتیکی مختلف انجام شد. نتایج نشان داد که بهترتیب 2431، 2244 و 2145 نشانگر SNP با صفات سازگاری با شرایط محیطی گرمسیری-سردسیری، پراکنش در مناطق با ارتفاع بالا-پایین از سطح دریا و پوشش بدنی پشمی-پوستی در گوسفندان بومی ایران مرتبط هستند (05/0>P). با تجزیه و تحلیل غنیسازی مجموعههای ژنی، مسیرهای زیستی (و ژنهای کاندیدای) مربوط به پاسخ دفاعی به عفونتهای باکتریایی (HSPA4L، DNAJB4 و MSRB3)، تنظیم پاسخ ایمنی بهواسطه ایمونوگلوبولینها (IL27A، TRAF3IP2 و LY96)، تنظیم فرآیند سیستم رشد و اتصالات سلولی (BMP2، THBS1 و MYH10)، تنظیم اندازه ساختار آناتومی (FGF2 و ACTR3)، تنظیم استخوانسازی و توسعه اندام (PTBP1 و TMEM117)، و رشد اپیدرم پوست و پشم (KRT71، KR27 و KR25) شناسایی شدند. در مجموع، نتایج تحقیق حاضر میتوانند دیدگاه جدیدی در رابطه با معماری ژنتیکی صفات سازگاری در برنامههای اصلاحنژادی گوسفندان کشور فراهم آورند.https://ar.guilan.ac.ir/article_8667_0923d6311d79d671d16f09f6c1c39675.pdfتجزیه مسیرژن کاندیداگوسفندان ایرانیمطالعه ارتباط ژنومی |
| spellingShingle | علی نوروزی محمدحسین مرادی حسین محمدی امیر حسین خلت آبادی فراهانی علی اسمعیلی زاده کشکوئیه تجزیه و تحلیل غنی سازی مجموعه های ژنی جهت شناسایی مناطق ژنومی مرتبط با سازگاری محیطی در برخی از نژادهای گوسفندان ایرانی تحقیقات تولیدات دامی تجزیه مسیر ژن کاندیدا گوسفندان ایرانی مطالعه ارتباط ژنومی |
| title | تجزیه و تحلیل غنی سازی مجموعه های ژنی جهت شناسایی مناطق ژنومی مرتبط با سازگاری محیطی در برخی از نژادهای گوسفندان ایرانی |
| title_full | تجزیه و تحلیل غنی سازی مجموعه های ژنی جهت شناسایی مناطق ژنومی مرتبط با سازگاری محیطی در برخی از نژادهای گوسفندان ایرانی |
| title_fullStr | تجزیه و تحلیل غنی سازی مجموعه های ژنی جهت شناسایی مناطق ژنومی مرتبط با سازگاری محیطی در برخی از نژادهای گوسفندان ایرانی |
| title_full_unstemmed | تجزیه و تحلیل غنی سازی مجموعه های ژنی جهت شناسایی مناطق ژنومی مرتبط با سازگاری محیطی در برخی از نژادهای گوسفندان ایرانی |
| title_short | تجزیه و تحلیل غنی سازی مجموعه های ژنی جهت شناسایی مناطق ژنومی مرتبط با سازگاری محیطی در برخی از نژادهای گوسفندان ایرانی |
| title_sort | تجزیه و تحلیل غنی سازی مجموعه های ژنی جهت شناسایی مناطق ژنومی مرتبط با سازگاری محیطی در برخی از نژادهای گوسفندان ایرانی |
| topic | تجزیه مسیر ژن کاندیدا گوسفندان ایرانی مطالعه ارتباط ژنومی |
| url | https://ar.guilan.ac.ir/article_8667_0923d6311d79d671d16f09f6c1c39675.pdf |
| work_keys_str_mv | AT ʿlynwrwzy tjzyhwtḥlylgẖnysạzymjmwʿhhạyzẖnyjhtsẖnạsạyymnạṭqzẖnwmymrtbṭbạsạzgạrymḥyṭydrbrkẖyạznzẖạdhạygwsfndạnạyrạny AT mḥmdḥsynmrạdy tjzyhwtḥlylgẖnysạzymjmwʿhhạyzẖnyjhtsẖnạsạyymnạṭqzẖnwmymrtbṭbạsạzgạrymḥyṭydrbrkẖyạznzẖạdhạygwsfndạnạyrạny AT ḥsynmḥmdy tjzyhwtḥlylgẖnysạzymjmwʿhhạyzẖnyjhtsẖnạsạyymnạṭqzẖnwmymrtbṭbạsạzgạrymḥyṭydrbrkẖyạznzẖạdhạygwsfndạnạyrạny AT ạmyrḥsynkẖltậbạdyfrạhạny tjzyhwtḥlylgẖnysạzymjmwʿhhạyzẖnyjhtsẖnạsạyymnạṭqzẖnwmymrtbṭbạsạzgạrymḥyṭydrbrkẖyạznzẖạdhạygwsfndạnạyrạny AT ʿlyạsmʿylyzạdhḵsẖḵwỷyh tjzyhwtḥlylgẖnysạzymjmwʿhhạyzẖnyjhtsẖnạsạyymnạṭqzẖnwmymrtbṭbạsạzgạrymḥyṭydrbrkẖyạznzẖạdhạygwsfndạnạyrạny |