基于生物信息学途径筛选缺血性脑卒中关键基因及药物预测
目的筛选缺血性脑卒中的关键基因及重要信号通路，预测可能对脑卒中有用的药物。方法从GEO数据库下载GSE98319基因芯片数据，该数据包含了假手术组、大脑中动脉梗塞组（MCAO）小鼠的基因芯片检测结果。用R语言的Limma包对数据进行差异表达分析，<italic>P</italic><0.05且|log<sub>2</sub>FC|>0.6的基因为差异表达基因。借助STRING网站构建差异表达基因的蛋白质相互作用网络（PPIN）后由Cytoscape软件进行核心子网络筛选及可视化输出。筛选出核心基因后用实时荧光定量PCR...
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| Main Authors: | , |
|---|---|
| Format: | Article |
| Language: | zho |
| Published: |
Editorial Office of Journal of Sun Yat-sen University
2021-01-01
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| Series: | Zhongshan Daxue xuebao. Yixue kexue ban |
| Subjects: | |
| Online Access: | http://xuebaoyx.sysu.edu.cn/zh/article/43496618/ |
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| author | 于瑜 王钟兴 |
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| description | 目的筛选缺血性脑卒中的关键基因及重要信号通路，预测可能对脑卒中有用的药物。方法从GEO数据库下载GSE98319基因芯片数据，该数据包含了假手术组、大脑中动脉梗塞组（MCAO）小鼠的基因芯片检测结果。用R语言的Limma包对数据进行差异表达分析，<italic>P</italic><0.05且|log<sub>2</sub>FC|>0.6的基因为差异表达基因。借助STRING网站构建差异表达基因的蛋白质相互作用网络（PPIN）后由Cytoscape软件进行核心子网络筛选及可视化输出。筛选出核心基因后用实时荧光定量PCR（qRT- PCR）验证核心基因在脑缺血小鼠大脑皮层的表达情况。基因集富集分析（GSEA）算法用于京都基因与基因组百科全书（KEGG）和基因本体（GO）富集分析，以FDR<0.05作为富集标准。最后用Connectivity Map数据库预测脑卒中的潜在作用药物。结果共筛出521个差异mRNA，其中421个上调、100个下调，其中2个关键基因<italic>Drd4</italic>（<italic>P</italic>=0.000 019）和<italic>Hcar2</italic>（<italic>P</italic>=0.000 094）经qRT-PCR实验证实在脑缺血后表达均升高。4种小分子化合物艾司洛尔（Esmolol）、甲巯咪唑（Methimazole）、吐根酚碱（Cephaeline）、水仙环素（Narciclasine）可能对缺血性卒中有治疗作用。结论<italic>Drd4</italic>和<italic>Hcar2</italic>可能与缺血性卒中的发生发展密切相关。预测出的4种药物可为后续药物研究提供参考。 |
| format | Article |
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| institution | Kabale University |
| issn | 1672-3554 |
| language | zho |
| publishDate | 2021-01-01 |
| publisher | Editorial Office of Journal of Sun Yat-sen University |
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| series | Zhongshan Daxue xuebao. Yixue kexue ban |
| spelling | doaj-art-7fca130658874afba20be2d57afefb2c2025-01-15T02:34:28ZzhoEditorial Office of Journal of Sun Yat-sen UniversityZhongshan Daxue xuebao. Yixue kexue ban1672-35542021-01-0142425043496618基于生物信息学途径筛选缺血性脑卒中关键基因及药物预测于瑜王钟兴目的筛选缺血性脑卒中的关键基因及重要信号通路，预测可能对脑卒中有用的药物。方法从GEO数据库下载GSE98319基因芯片数据，该数据包含了假手术组、大脑中动脉梗塞组（MCAO）小鼠的基因芯片检测结果。用R语言的Limma包对数据进行差异表达分析，<italic>P</italic><0.05且|log<sub>2</sub>FC|>0.6的基因为差异表达基因。借助STRING网站构建差异表达基因的蛋白质相互作用网络（PPIN）后由Cytoscape软件进行核心子网络筛选及可视化输出。筛选出核心基因后用实时荧光定量PCR（qRT- PCR）验证核心基因在脑缺血小鼠大脑皮层的表达情况。基因集富集分析（GSEA）算法用于京都基因与基因组百科全书（KEGG）和基因本体（GO）富集分析，以FDR<0.05作为富集标准。最后用Connectivity Map数据库预测脑卒中的潜在作用药物。结果共筛出521个差异mRNA，其中421个上调、100个下调，其中2个关键基因<italic>Drd4</italic>（<italic>P</italic>=0.000 019）和<italic>Hcar2</italic>（<italic>P</italic>=0.000 094）经qRT-PCR实验证实在脑缺血后表达均升高。4种小分子化合物艾司洛尔（Esmolol）、甲巯咪唑（Methimazole）、吐根酚碱（Cephaeline）、水仙环素（Narciclasine）可能对缺血性卒中有治疗作用。结论<italic>Drd4</italic>和<italic>Hcar2</italic>可能与缺血性卒中的发生发展密切相关。预测出的4种药物可为后续药物研究提供参考。http://xuebaoyx.sysu.edu.cn/zh/article/43496618/缺血性脑卒中基因集富集分析生物信息学药物预测 |
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