霍乱弧菌新发菌株中<italic>vipA</italic>，<italic>vipB</italic>和<italic>clpV</italic>对T6SS转录调控
目的探索霍乱弧菌新发菌株H1的六型分泌系统（T6SS）存在的转录调控机制。方法本研究以转录组测序为基础，分析H1株分别由于<italic>vipA</italic>敲除（H1Δ<italic>vipA</italic>），<italic>vipB</italic>敲除（H1Δ<italic>vipB</italic>）和<italic>clpV</italic>敲除（H1Δ<italic>clpV</italic>）时T6SS基因簇的转录水平，并对其差...
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| Main Authors: | , , , |
|---|---|
| Format: | Article |
| Language: | zho |
| Published: |
Editorial Office of Journal of Sun Yat-sen University
2022-01-01
|
| Series: | Zhongshan Daxue xuebao. Yixue kexue ban |
| Subjects: | |
| Online Access: | http://xuebaoyx.sysu.edu.cn/zh/article/doi/10.13471/j.cnki.j.sun.yat-sen.univ(med.sci).2022.0110/ |
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|---|---|
| author | 吴文轩 郭扬 张幸鼎 赵文婧 |
| author_facet | 吴文轩 郭扬 张幸鼎 赵文婧 |
| author_sort | 吴文轩 |
| collection | DOAJ |
| description | 目的探索霍乱弧菌新发菌株H1的六型分泌系统（T6SS）存在的转录调控机制。方法本研究以转录组测序为基础，分析H1株分别由于<italic>vipA</italic>敲除（H1Δ<italic>vipA</italic>），<italic>vipB</italic>敲除（H1Δ<italic>vipB</italic>）和<italic>clpV</italic>敲除（H1Δ<italic>clpV</italic>）时T6SS基因簇的转录水平，并对其差异基因进行了基因本体论（GO）富集和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集。结果发现H1Δ<italic>vipA</italic>有22个差异基因（FDR<0.01，|log<sub>2</sub>FC|≥1），其中有18个属于T6SS基因簇；并且除<italic>vipA</italic>外，其转录水平均呈上升趋势。结合GO富集和KEGG富集结果，发现<italic>vipA</italic>的缺失会引起与霍乱弧菌群体感应相关基因（<italic>hapR</italic>）的转录水平显著降低。结论我们得出结论<italic>vipA</italic>基因在霍乱弧菌H1菌中是一个具有多重功能的基因，一是编码T6SS鞘结构蛋白，二是参与T6SS调控；推测<italic>hapR</italic>可能参与H1株中<italic>vipA</italic>对T6SS基因簇的转录调控。 |
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| institution | Kabale University |
| issn | 1672-3554 |
| language | zho |
| publishDate | 2022-01-01 |
| publisher | Editorial Office of Journal of Sun Yat-sen University |
| record_format | Article |
| series | Zhongshan Daxue xuebao. Yixue kexue ban |
| spelling | doaj-art-77fd461cc12242ca83097e314ce0cceb2025-01-15T02:34:12ZzhoEditorial Office of Journal of Sun Yat-sen UniversityZhongshan Daxue xuebao. Yixue kexue ban1672-35542022-01-0143778543494331霍乱弧菌新发菌株中<italic>vipA</italic>，<italic>vipB</italic>和<italic>clpV</italic>对T6SS转录调控吴文轩郭扬张幸鼎赵文婧目的探索霍乱弧菌新发菌株H1的六型分泌系统（T6SS）存在的转录调控机制。方法本研究以转录组测序为基础，分析H1株分别由于<italic>vipA</italic>敲除（H1Δ<italic>vipA</italic>），<italic>vipB</italic>敲除（H1Δ<italic>vipB</italic>）和<italic>clpV</italic>敲除（H1Δ<italic>clpV</italic>）时T6SS基因簇的转录水平，并对其差异基因进行了基因本体论（GO）富集和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集。结果发现H1Δ<italic>vipA</italic>有22个差异基因（FDR<0.01，|log<sub>2</sub>FC|≥1），其中有18个属于T6SS基因簇；并且除<italic>vipA</italic>外，其转录水平均呈上升趋势。结合GO富集和KEGG富集结果，发现<italic>vipA</italic>的缺失会引起与霍乱弧菌群体感应相关基因（<italic>hapR</italic>）的转录水平显著降低。结论我们得出结论<italic>vipA</italic>基因在霍乱弧菌H1菌中是一个具有多重功能的基因，一是编码T6SS鞘结构蛋白，二是参与T6SS调控；推测<italic>hapR</italic>可能参与H1株中<italic>vipA</italic>对T6SS基因簇的转录调控。http://xuebaoyx.sysu.edu.cn/zh/article/doi/10.13471/j.cnki.j.sun.yat-sen.univ(med.sci).2022.0110/六型分泌系统霍乱弧菌转录调控 |
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| topic | 六型分泌系统 霍乱弧菌 转录调控 |
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