基于生物信息学途径食管鳞癌lncRNA预后风险模型的构建

基于生物信息学途径食管鳞癌lncRNA预后风险模型的构建

目的基于癌症基因组图谱（TCGA）数据库食管鳞癌lncRNA差异表达，构建食管鳞癌预后风险模型。方法从TCGA肿瘤数据库下载食管鳞癌基因表达数据及临床信息，使用R 4.0.3软件提取差异表达lncRNA，进一步使用COX回归分析筛选模型lncRNA，并构建预后风险模型Riskscore；按照风险评分中位值将食管鳞癌患者分为低风险组和高风险组，进一步比较高低风险组生存预后；分析比较风险模型及其他临床特征对食管鳞癌生存预后的预测性能；分析风险评分与其他临床特征相关性；采用主成分分析（PCA）及基因富集分析（GSEA）探索高低风险组基因分布差异。结果得到差异表达lncRNA174个，食管鳞癌组织表达...

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Main Authors: 蔡河源, 谢春莹, 邹健勇, 罗红鹤
Format: Article
Language:zho
Published: Editorial Office of Journal of Sun Yat-sen University 2021-09-01
Series:Zhongshan Daxue xuebao. Yixue kexue ban
Subjects:
食管鳞癌
长链非编码RNA
风险评分
预后
Online Access:http://xuebaoyx.sysu.edu.cn/zh/article/doi/10.13471/j.cnki.j.sun.yat-sen.univ(med.sci).2021.0511/
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Description
Summary:目的基于癌症基因组图谱（TCGA）数据库食管鳞癌lncRNA差异表达，构建食管鳞癌预后风险模型。方法从TCGA肿瘤数据库下载食管鳞癌基因表达数据及临床信息，使用R 4.0.3软件提取差异表达lncRNA，进一步使用COX回归分析筛选模型lncRNA，并构建预后风险模型Riskscore；按照风险评分中位值将食管鳞癌患者分为低风险组和高风险组，进一步比较高低风险组生存预后；分析比较风险模型及其他临床特征对食管鳞癌生存预后的预测性能；分析风险评分与其他临床特征相关性；采用主成分分析（PCA）及基因富集分析（GSEA）探索高低风险组基因分布差异。结果得到差异表达lncRNA174个，食管鳞癌组织表达上调126个，表达下调48个。COX回归分析显示<italic>AL033384.1，AC108449.2</italic>可作为食管鳞癌的独立预后因素，风险模型公式为Riskscore = 1.303×<italic>AL033384.1</italic> - 1.525 × <italic>AC108449.2</italic>，且低风险组总体生存率高于高风险组（<italic>P </italic>&lt; 0.001），主成分分析显示模型lncRNA能较好区分高低风险组，是高低风险组分布的主要影响因素。高低风险组存在细胞通路差异，高风险组主要富集在表皮细胞的角质化和细胞内的高代谢等过程。该风险模型1、2和3年预测性能分别为0.750、0.768和0.796，优于其他临床特征如TNM分期的预测性能。结论基于TCGA数据库筛选得到的<italic>AL033384.1，AC108449.2</italic>建立的预后风险模型对预测食管鳞癌患者的预后具有一定的临床价值，低风险组患者总体生存率更长，预后更好。
ISSN:1672-3554

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