基于二代测序的RhD阳性个体<italic>RHD</italic>基因mRNA选择性剪接分析
目的本研究旨在对RhD阳性个体中红细胞特异性表达的<italic>RHD</italic>基因不同转录本进行分析，并对选择性剪接发生的机制进行初步探讨。方法利用体外有核红细胞培养体系分离并培养RhD阳性个体的有核红细胞，使用逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）技术对RhD阳性个体<italic>RHD</italic>基因外显子6至3’非编码区扩增后进行二代测序，分析mRNA转录本，并采用生物信息学方法分析<italic>RHD</italic>基因所有外显子5’及3’剪接位点的最大熵值。结果<italic>RH...
Saved in:
| Main Authors: | , , , , , , |
|---|---|
| Format: | Article |
| Language: | zho |
| Published: |
Editorial Office of Journal of Sun Yat-sen University
2021-01-01
|
| Series: | Zhongshan Daxue xuebao. Yixue kexue ban |
| Subjects: | |
| Online Access: | http://xuebaoyx.sysu.edu.cn/zh/article/43495934/ |
| Tags: |
Add Tag
No Tags, Be the first to tag this record!
|
| _version_ | 1850093798395215872 |
|---|---|
| author | 罗亚林 魏玲 姬艳丽 罗广平 付涌水 温机智 黎诚耀 |
| author_facet | 罗亚林 魏玲 姬艳丽 罗广平 付涌水 温机智 黎诚耀 |
| author_sort | 罗亚林 |
| collection | DOAJ |
| description | 目的本研究旨在对RhD阳性个体中红细胞特异性表达的<italic>RHD</italic>基因不同转录本进行分析，并对选择性剪接发生的机制进行初步探讨。方法利用体外有核红细胞培养体系分离并培养RhD阳性个体的有核红细胞，使用逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）技术对RhD阳性个体<italic>RHD</italic>基因外显子6至3’非编码区扩增后进行二代测序，分析mRNA转录本，并采用生物信息学方法分析<italic>RHD</italic>基因所有外显子5’及3’剪接位点的最大熵值。结果<italic>RHD</italic>基因的转录本以正常全长mRNA为主，除此之外还存在其他8种异常转录本。按照表达量从多到少，分别为外显子7缺失、外显子9缺失、外显子8和9缺失、外显子7、8和9缺失、外显子7和9缺失、外显子8和9缺失合并外显子7与10间插入一段170 bp的内含子7片段、全长mRNA但插入170 bp的内含子7片段和外显子9缺失但插入一170 bp的内含子7片段，其中最后3种为新转录本。生物信息学分析提示外显子7和外显子9异常剪接可能与其5’-剪接位点（5’-splice site，5’ss）或3’ss和剪接体结合能力下降有关，而内含子7片段异常表达于转录本中可能与其两端存在类似5’ss和3’ss剪接保守序列有关。结论<italic>RHD</italic>基因存在十分复杂的选择性剪接模式，使RhD阳性个体的<italic>RHD</italic>基因在mRNA水平上存在多种不同的剪接转录本。 |
| format | Article |
| id | doaj-art-3f05c8cc678045e3b79c9e09293a7d68 |
| institution | DOAJ |
| issn | 1672-3554 |
| language | zho |
| publishDate | 2021-01-01 |
| publisher | Editorial Office of Journal of Sun Yat-sen University |
| record_format | Article |
| series | Zhongshan Daxue xuebao. Yixue kexue ban |
| spelling | doaj-art-3f05c8cc678045e3b79c9e09293a7d682025-08-20T02:41:49ZzhoEditorial Office of Journal of Sun Yat-sen UniversityZhongshan Daxue xuebao. Yixue kexue ban1672-35542021-01-0142515643495934基于二代测序的RhD阳性个体<italic>RHD</italic>基因mRNA选择性剪接分析罗亚林魏玲姬艳丽罗广平付涌水温机智黎诚耀目的本研究旨在对RhD阳性个体中红细胞特异性表达的<italic>RHD</italic>基因不同转录本进行分析，并对选择性剪接发生的机制进行初步探讨。方法利用体外有核红细胞培养体系分离并培养RhD阳性个体的有核红细胞，使用逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）技术对RhD阳性个体<italic>RHD</italic>基因外显子6至3’非编码区扩增后进行二代测序，分析mRNA转录本，并采用生物信息学方法分析<italic>RHD</italic>基因所有外显子5’及3’剪接位点的最大熵值。结果<italic>RHD</italic>基因的转录本以正常全长mRNA为主，除此之外还存在其他8种异常转录本。按照表达量从多到少，分别为外显子7缺失、外显子9缺失、外显子8和9缺失、外显子7、8和9缺失、外显子7和9缺失、外显子8和9缺失合并外显子7与10间插入一段170 bp的内含子7片段、全长mRNA但插入170 bp的内含子7片段和外显子9缺失但插入一170 bp的内含子7片段，其中最后3种为新转录本。生物信息学分析提示外显子7和外显子9异常剪接可能与其5’-剪接位点（5’-splice site，5’ss）或3’ss和剪接体结合能力下降有关，而内含子7片段异常表达于转录本中可能与其两端存在类似5’ss和3’ss剪接保守序列有关。结论<italic>RHD</italic>基因存在十分复杂的选择性剪接模式，使RhD阳性个体的<italic>RHD</italic>基因在mRNA水平上存在多种不同的剪接转录本。http://xuebaoyx.sysu.edu.cn/zh/article/43495934/RhD阳性二代测序转录本剪接 |
| spellingShingle | 罗亚林 魏玲 姬艳丽 罗广平 付涌水 温机智 黎诚耀 基于二代测序的RhD阳性个体<italic>RHD</italic>基因mRNA选择性剪接分析 Zhongshan Daxue xuebao. Yixue kexue ban RhD阳性 二代测序 转录本 剪接 |
| title | 基于二代测序的RhD阳性个体<italic>RHD</italic>基因mRNA选择性剪接分析 |
| title_full | 基于二代测序的RhD阳性个体<italic>RHD</italic>基因mRNA选择性剪接分析 |
| title_fullStr | 基于二代测序的RhD阳性个体<italic>RHD</italic>基因mRNA选择性剪接分析 |
| title_full_unstemmed | 基于二代测序的RhD阳性个体<italic>RHD</italic>基因mRNA选择性剪接分析 |
| title_short | 基于二代测序的RhD阳性个体<italic>RHD</italic>基因mRNA选择性剪接分析 |
| title_sort | 基于二代测序的rhd阳性个体 italic rhd italic 基因mrna选择性剪接分析 |
| topic | RhD阳性 二代测序 转录本 剪接 |
| url | http://xuebaoyx.sysu.edu.cn/zh/article/43495934/ |
| work_keys_str_mv | AT luōyàlín jīyúèrdàicèxùderhdyángxìnggètǐitalicrhditalicjīyīnmrnaxuǎnzéxìngjiǎnjiēfēnxī AT wèilíng jīyúèrdàicèxùderhdyángxìnggètǐitalicrhditalicjīyīnmrnaxuǎnzéxìngjiǎnjiēfēnxī AT jīyànlì jīyúèrdàicèxùderhdyángxìnggètǐitalicrhditalicjīyīnmrnaxuǎnzéxìngjiǎnjiēfēnxī AT luōguǎngpíng jīyúèrdàicèxùderhdyángxìnggètǐitalicrhditalicjīyīnmrnaxuǎnzéxìngjiǎnjiēfēnxī AT fùyǒngshuǐ jīyúèrdàicèxùderhdyángxìnggètǐitalicrhditalicjīyīnmrnaxuǎnzéxìngjiǎnjiēfēnxī AT wēnjīzhì jīyúèrdàicèxùderhdyángxìnggètǐitalicrhditalicjīyīnmrnaxuǎnzéxìngjiǎnjiēfēnxī AT líchéngyào jīyúèrdàicèxùderhdyángxìnggètǐitalicrhditalicjīyīnmrnaxuǎnzéxìngjiǎnjiēfēnxī |