Khám phá hợp chất flavonoid và theaflavin từ chi Camellia ở Việt Nam theo hướng ức chế Keap1-Nrf2 bằng phương pháp sàng lọc in silico
Các cây thuộc chi Chè Camellia từ lâu đã được chứng minh có khả năng chống stress oxy hóa thông qua sự dập tắt các gốc tự do. Nghiên cứu này sử dụng phương pháp sàng lọc ảo in silico tích hợp thuật toán học máy để dự đoán khả năng chống oxy hóa thông qua việc tăng cường biểu hiện Nrf2 của 5 loài thu...
Saved in:
| Main Authors: | , , , , , |
|---|---|
| Format: | Article |
| Language: | English |
| Published: |
The University of Danang
2024-11-01
|
| Series: | Tạp chí Khoa học và Công nghệ |
| Subjects: | |
| Online Access: | https://jst-ud.vn/jst-ud/article/view/9421 |
| Tags: |
Add Tag
No Tags, Be the first to tag this record!
|
| _version_ | 1849722051834675200 |
|---|---|
| author | Nguyễn Minh Quân Đoàn Nguyễn Việt Hà Nguyễn Bùi Quốc Huy Giang Thị Kim Liên Lê Nguyễn Thiên Hân Nguyễn Minh Hiền |
| author_facet | Nguyễn Minh Quân Đoàn Nguyễn Việt Hà Nguyễn Bùi Quốc Huy Giang Thị Kim Liên Lê Nguyễn Thiên Hân Nguyễn Minh Hiền |
| author_sort | Nguyễn Minh Quân |
| collection | DOAJ |
| description | Các cây thuộc chi Chè Camellia từ lâu đã được chứng minh có khả năng chống stress oxy hóa thông qua sự dập tắt các gốc tự do. Nghiên cứu này sử dụng phương pháp sàng lọc ảo in silico tích hợp thuật toán học máy để dự đoán khả năng chống oxy hóa thông qua việc tăng cường biểu hiện Nrf2 của 5 loài thuộc chi chè Camellia bao gồm Camellia sinensis, Camellia quephongensis, Camellia oleifera, Camellia amplexicaulis và Camellia japonica. Mô hình học máy phân loại hợp chất được xây dựng dựa trên bốn thuật toán học máy bao gồm Support vector machines (SVM), Random forests (RF), Extreme gradient boosting (XGBoost) và Multilayer Perceptron (MLP). Từ mô hình phân loại có hiệu suất tối ưu, nghiên cứu đã xác định được 33 hợp chất tiềm năng. Các hợp chất được phân loại có khả năng kích hoạt Nrf2 được docking phân tử trên với thụ thể Keap1-Nrf2 (PDB ID: 2FLU). Kết quả cho thấy, có bốn hợp chất với số điểm docking tốt nhất là camellianoside (-10,4 kcal/mol), theaflavin-3-gallate (-9,9 kcal/mol), theaflavin-3'-gallate (-9,8 kcal/mol) và camelliaside B (-9,7 kcal/mol). |
| format | Article |
| id | doaj-art-3759765dfaf34c1d9e7b6399d791a960 |
| institution | DOAJ |
| issn | 1859-1531 |
| language | English |
| publishDate | 2024-11-01 |
| publisher | The University of Danang |
| record_format | Article |
| series | Tạp chí Khoa học và Công nghệ |
| spelling | doaj-art-3759765dfaf34c1d9e7b6399d791a9602025-08-20T03:11:29ZengThe University of DanangTạp chí Khoa học và Công nghệ1859-15312024-11-0143529415Khám phá hợp chất flavonoid và theaflavin từ chi Camellia ở Việt Nam theo hướng ức chế Keap1-Nrf2 bằng phương pháp sàng lọc in silicoNguyễn Minh Quân0Đoàn Nguyễn Việt Hà1Nguyễn Bùi Quốc Huy2Giang Thị Kim Liên3Lê Nguyễn Thiên Hân4Nguyễn Minh Hiền5Trường THPT chuyên Trần Đại Nghĩa, Việt NamTrường THPT chuyên Trần Đại Nghĩa, Việt NamViện Nghiên cứu và Đào tạo Việt-Anh - Đại học Đà Nẵng, Việt NamViện Nghiên cứu và Đào tạo Việt-Anh - Đại học Đà Nẵng, Việt NamTrường Đại học Khoa học Sức khoẻ, Đại học Quốc gia Thành phố Hồ Chí Minh, Việt NamTrường Đại học Khoa học Sức khoẻ, Đại học Quốc gia Thành phố Hồ Chí Minh, Việt NamCác cây thuộc chi Chè Camellia từ lâu đã được chứng minh có khả năng chống stress oxy hóa thông qua sự dập tắt các gốc tự do. Nghiên cứu này sử dụng phương pháp sàng lọc ảo in silico tích hợp thuật toán học máy để dự đoán khả năng chống oxy hóa thông qua việc tăng cường biểu hiện Nrf2 của 5 loài thuộc chi chè Camellia bao gồm Camellia sinensis, Camellia quephongensis, Camellia oleifera, Camellia amplexicaulis và Camellia japonica. Mô hình học máy phân loại hợp chất được xây dựng dựa trên bốn thuật toán học máy bao gồm Support vector machines (SVM), Random forests (RF), Extreme gradient boosting (XGBoost) và Multilayer Perceptron (MLP). Từ mô hình phân loại có hiệu suất tối ưu, nghiên cứu đã xác định được 33 hợp chất tiềm năng. Các hợp chất được phân loại có khả năng kích hoạt Nrf2 được docking phân tử trên với thụ thể Keap1-Nrf2 (PDB ID: 2FLU). Kết quả cho thấy, có bốn hợp chất với số điểm docking tốt nhất là camellianoside (-10,4 kcal/mol), theaflavin-3-gallate (-9,9 kcal/mol), theaflavin-3'-gallate (-9,8 kcal/mol) và camelliaside B (-9,7 kcal/mol).https://jst-ud.vn/jst-ud/article/view/9421mô hình học máyức chế phức hợp keap1-nrf2chi camelliadocking phân tửin silico |
| spellingShingle | Nguyễn Minh Quân Đoàn Nguyễn Việt Hà Nguyễn Bùi Quốc Huy Giang Thị Kim Liên Lê Nguyễn Thiên Hân Nguyễn Minh Hiền Khám phá hợp chất flavonoid và theaflavin từ chi Camellia ở Việt Nam theo hướng ức chế Keap1-Nrf2 bằng phương pháp sàng lọc in silico Tạp chí Khoa học và Công nghệ mô hình học máy ức chế phức hợp keap1-nrf2 chi camellia docking phân tử in silico |
| title | Khám phá hợp chất flavonoid và theaflavin từ chi Camellia ở Việt Nam theo hướng ức chế Keap1-Nrf2 bằng phương pháp sàng lọc in silico |
| title_full | Khám phá hợp chất flavonoid và theaflavin từ chi Camellia ở Việt Nam theo hướng ức chế Keap1-Nrf2 bằng phương pháp sàng lọc in silico |
| title_fullStr | Khám phá hợp chất flavonoid và theaflavin từ chi Camellia ở Việt Nam theo hướng ức chế Keap1-Nrf2 bằng phương pháp sàng lọc in silico |
| title_full_unstemmed | Khám phá hợp chất flavonoid và theaflavin từ chi Camellia ở Việt Nam theo hướng ức chế Keap1-Nrf2 bằng phương pháp sàng lọc in silico |
| title_short | Khám phá hợp chất flavonoid và theaflavin từ chi Camellia ở Việt Nam theo hướng ức chế Keap1-Nrf2 bằng phương pháp sàng lọc in silico |
| title_sort | kham pha hop chat flavonoid va theaflavin tu chi camellia o viet nam theo huong uc che keap1 nrf2 bang phuong phap sang loc in silico |
| topic | mô hình học máy ức chế phức hợp keap1-nrf2 chi camellia docking phân tử in silico |
| url | https://jst-ud.vn/jst-ud/article/view/9421 |
| work_keys_str_mv | AT nguyenminhquan khamphahopchatflavonoidvatheaflavintuchicamelliaovietnamtheohuongucchekeap1nrf2bangphuongphapsanglocinsilico AT đoannguyenvietha khamphahopchatflavonoidvatheaflavintuchicamelliaovietnamtheohuongucchekeap1nrf2bangphuongphapsanglocinsilico AT nguyenbuiquochuy khamphahopchatflavonoidvatheaflavintuchicamelliaovietnamtheohuongucchekeap1nrf2bangphuongphapsanglocinsilico AT giangthikimlien khamphahopchatflavonoidvatheaflavintuchicamelliaovietnamtheohuongucchekeap1nrf2bangphuongphapsanglocinsilico AT lenguyenthienhan khamphahopchatflavonoidvatheaflavintuchicamelliaovietnamtheohuongucchekeap1nrf2bangphuongphapsanglocinsilico AT nguyenminhhien khamphahopchatflavonoidvatheaflavintuchicamelliaovietnamtheohuongucchekeap1nrf2bangphuongphapsanglocinsilico |