基于SMRT测序技术的塔里木马鹿冬季肠道菌群多样性分析
为探究塔里木河流域塔里木马鹿（<italic>Cervus elaphus yarkandensis</italic>）冬季肠道菌群群落结构、多样性与功能，采用PacBio平台的单分子实时测序技术（single molecule real-time sequencing，SMRT）对塔里木河上游湿地自然保护区采集并筛选的25份塔里木马鹿粪便样本的16S rRNA基因全长进行测序，共获得298 578个clean reads，clean reads聚类获得28 026个OTU，包括25门684属。Alpha多样性分析结果显示，塔里木马鹿冬季肠道菌群Shannon指数为（7...
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| Main Authors: | , , , , , |
|---|---|
| Format: | Article |
| Language: | zho |
| Published: |
Editorial Department of Chinese Journal of Wildlife
2024-02-01
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| Series: | 野生动物学报 |
| Subjects: | |
| Online Access: | http://ysdw.nefu.edu.cn/thesisDetails#10.12375/ysdwxb.20240108 |
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|---|---|
| author | 祁程 姜李欢 阿卜杜萨拉木·努尔麦麦提 王开彦 单文娟 钟林强 |
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| author_sort | 祁程 |
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| description | 为探究塔里木河流域塔里木马鹿（<italic>Cervus elaphus yarkandensis</italic>）冬季肠道菌群群落结构、多样性与功能，采用PacBio平台的单分子实时测序技术（single molecule real-time sequencing，SMRT）对塔里木河上游湿地自然保护区采集并筛选的25份塔里木马鹿粪便样本的16S rRNA基因全长进行测序，共获得298 578个clean reads，clean reads聚类获得28 026个OTU，包括25门684属。Alpha多样性分析结果显示，塔里木马鹿冬季肠道菌群Shannon指数为（7.764±0.044），Simpson指数为（0.015±0.001），Chao1指数为（12 242.668±695.106），ACE指数为（9 366.423±407.612）。塔里木马鹿优势菌门为厚壁菌门（Firmicutes，60.51%）、拟杆菌门（Bacteroidetes，26.02%）、变形菌门（Proteobacteria，3.61%）、疣微菌门（Verrucomicrobia，1.57%）和浮霉菌门（Planctomycetes，1.46%）。相对丰富度在前10的菌属为<italic>Papillibacter</italic>（5.48%）、拟杆菌属（<italic>Bacteroides</italic>，5.12%）、<italic>Muribaculum</italic>（4.69%）、<italic>Phocaeicola</italic>（4.49%）、<italic>Lawsonibacter</italic>（4.31%）、瘤胃球菌属（<italic>Ruminococcus</italic>，4.09%）、<italic>Intestinimonas</italic>（3.06%）、普氏菌属（<italic>Prevotella</italic>，2.87%）、克里斯滕森菌属 （<italic>Christensenella</italic>，2.71%）和弯曲杆菌属（<italic>Campylobacter</italic>，2.54%）。PICRUSt 16S功能预测结果表明，塔里木马鹿肠道菌群基因功能主要富集于新陈代谢（48.58%）、遗传信息处理（19.04%）和环境信息处理（12.08%）；其中新陈代谢主要以碳水化合物代谢（9.47%）、氨基酸代谢（9.93%）为主，并且环境信息处理的膜转运（9.96%）基因相对丰富度最高。研究揭示了野生塔里木马鹿冬季肠道菌群特征和功能，为塔里木马鹿野生种群的保护提供基础数据。 |
| format | Article |
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| institution | Kabale University |
| issn | 2310-1490 |
| language | zho |
| publishDate | 2024-02-01 |
| publisher | Editorial Department of Chinese Journal of Wildlife |
| record_format | Article |
| series | 野生动物学报 |
| spelling | doaj-art-33df144c9c414fbdb71251fddeeaba872025-01-14T04:06:21ZzhoEditorial Department of Chinese Journal of Wildlife野生动物学报2310-14902024-02-0145586648402826基于SMRT测序技术的塔里木马鹿冬季肠道菌群多样性分析祁程姜李欢阿卜杜萨拉木·努尔麦麦提王开彦单文娟钟林强为探究塔里木河流域塔里木马鹿（<italic>Cervus elaphus yarkandensis</italic>）冬季肠道菌群群落结构、多样性与功能，采用PacBio平台的单分子实时测序技术（single molecule real-time sequencing，SMRT）对塔里木河上游湿地自然保护区采集并筛选的25份塔里木马鹿粪便样本的16S rRNA基因全长进行测序，共获得298 578个clean reads，clean reads聚类获得28 026个OTU，包括25门684属。Alpha多样性分析结果显示，塔里木马鹿冬季肠道菌群Shannon指数为（7.764±0.044），Simpson指数为（0.015±0.001），Chao1指数为（12 242.668±695.106），ACE指数为（9 366.423±407.612）。塔里木马鹿优势菌门为厚壁菌门（Firmicutes，60.51%）、拟杆菌门（Bacteroidetes，26.02%）、变形菌门（Proteobacteria，3.61%）、疣微菌门（Verrucomicrobia，1.57%）和浮霉菌门（Planctomycetes，1.46%）。相对丰富度在前10的菌属为<italic>Papillibacter</italic>（5.48%）、拟杆菌属（<italic>Bacteroides</italic>，5.12%）、<italic>Muribaculum</italic>（4.69%）、<italic>Phocaeicola</italic>（4.49%）、<italic>Lawsonibacter</italic>（4.31%）、瘤胃球菌属（<italic>Ruminococcus</italic>，4.09%）、<italic>Intestinimonas</italic>（3.06%）、普氏菌属（<italic>Prevotella</italic>，2.87%）、克里斯滕森菌属 （<italic>Christensenella</italic>，2.71%）和弯曲杆菌属（<italic>Campylobacter</italic>，2.54%）。PICRUSt 16S功能预测结果表明，塔里木马鹿肠道菌群基因功能主要富集于新陈代谢（48.58%）、遗传信息处理（19.04%）和环境信息处理（12.08%）；其中新陈代谢主要以碳水化合物代谢（9.47%）、氨基酸代谢（9.93%）为主，并且环境信息处理的膜转运（9.96%）基因相对丰富度最高。研究揭示了野生塔里木马鹿冬季肠道菌群特征和功能，为塔里木马鹿野生种群的保护提供基础数据。http://ysdw.nefu.edu.cn/thesisDetails#10.12375/ysdwxb.20240108塔里木马鹿肠道菌群单分子实时测序（SMRT）PICRUSt功能预测 |
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