基于SMRT测序技术的塔里木马鹿冬季肠道菌群多样性分析

基于SMRT测序技术的塔里木马鹿冬季肠道菌群多样性分析

为探究塔里木河流域塔里木马鹿（<italic>Cervus elaphus yarkandensis</italic>）冬季肠道菌群群落结构、多样性与功能，采用PacBio平台的单分子实时测序技术（single molecule real-time sequencing，SMRT）对塔里木河上游湿地自然保护区采集并筛选的25份塔里木马鹿粪便样本的16S rRNA基因全长进行测序，共获得298 578个clean reads，clean reads聚类获得28 026个OTU，包括25门684属。Alpha多样性分析结果显示，塔里木马鹿冬季肠道菌群Shannon指数为（7...

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Main Authors: 祁程, 姜李欢, 阿卜杜萨拉木·努尔麦麦提, 王开彦, 单文娟, 钟林强
Format: Article
Language:zho
Published: Editorial Department of Chinese Journal of Wildlife 2024-02-01
Series:野生动物学报
Subjects:
塔里木马鹿
肠道菌群
单分子实时测序（SMRT）
PICRUSt功能预测
Online Access:http://ysdw.nefu.edu.cn/thesisDetails#10.12375/ysdwxb.20240108
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Description
Summary:为探究塔里木河流域塔里木马鹿（<italic>Cervus elaphus yarkandensis</italic>）冬季肠道菌群群落结构、多样性与功能，采用PacBio平台的单分子实时测序技术（single molecule real-time sequencing，SMRT）对塔里木河上游湿地自然保护区采集并筛选的25份塔里木马鹿粪便样本的16S rRNA基因全长进行测序，共获得298 578个clean reads，clean reads聚类获得28 026个OTU，包括25门684属。Alpha多样性分析结果显示，塔里木马鹿冬季肠道菌群Shannon指数为（7.764±0.044），Simpson指数为（0.015±0.001），Chao1指数为（12 242.668±695.106），ACE指数为（9 366.423±407.612）。塔里木马鹿优势菌门为厚壁菌门（Firmicutes，60.51%）、拟杆菌门（Bacteroidetes，26.02%）、变形菌门（Proteobacteria，3.61%）、疣微菌门（Verrucomicrobia，1.57%）和浮霉菌门（Planctomycetes，1.46%）。相对丰富度在前10的菌属为<italic>Papillibacter</italic>（5.48%）、拟杆菌属（<italic>Bacteroides</italic>，5.12%）、<italic>Muribaculum</italic>（4.69%）、<italic>Phocaeicola</italic>（4.49%）、<italic>Lawsonibacter</italic>（4.31%）、瘤胃球菌属（<italic>Ruminococcus</italic>，4.09%）、<italic>Intestinimonas</italic>（3.06%）、普氏菌属（<italic>Prevotella</italic>，2.87%）、克里斯滕森菌属 （<italic>Christensenella</italic>，2.71%）和弯曲杆菌属（<italic>Campylobacter</italic>，2.54%）。PICRUSt 16S功能预测结果表明，塔里木马鹿肠道菌群基因功能主要富集于新陈代谢（48.58%）、遗传信息处理（19.04%）和环境信息处理（12.08%）；其中新陈代谢主要以碳水化合物代谢（9.47%）、氨基酸代谢（9.93%）为主，并且环境信息处理的膜转运（9.96%）基因相对丰富度最高。研究揭示了野生塔里木马鹿冬季肠道菌群特征和功能，为塔里木马鹿野生种群的保护提供基础数据。
ISSN:2310-1490

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