Ülkemiz Lettuce Mosaic Virus İzolatının Tüm Genom Analizi
Marul ülkemizde birçok bölgede üretimi yapılan önemli bir sebze türüdür. Marul üretiminde sorun oluşturan çok sayıda patojen bulunmakta olup bunlardan biri de Marul mozaik virüsü (Lettuce mosaic virus, LMV)’dür. Bu virüsün ülkemizde ki varlığı farklı bölge ve illerden bildirilmiştir. Hastalığın tanı...
Saved in:
| Main Authors: | , |
|---|---|
| Format: | Article |
| Language: | English |
| Published: |
Çanakkale Onsekiz Mart University
2022-03-01
|
| Series: | Journal of Advanced Research in Natural and Applied Sciences |
| Subjects: | |
| Online Access: | https://dergipark.org.tr/en/download/article-file/1854671 |
| Tags: |
Add Tag
No Tags, Be the first to tag this record!
|
| _version_ | 1832095452639526912 |
|---|---|
| author | Savaş Korkmaz Aysun Helvacı |
| author_facet | Savaş Korkmaz Aysun Helvacı |
| author_sort | Savaş Korkmaz |
| collection | DOAJ |
| description | Marul ülkemizde birçok bölgede üretimi yapılan önemli bir sebze türüdür. Marul üretiminde sorun oluşturan çok sayıda patojen bulunmakta olup bunlardan biri de Marul mozaik virüsü (Lettuce mosaic virus, LMV)’dür. Bu virüsün ülkemizde ki varlığı farklı bölge ve illerden bildirilmiştir. Hastalığın tanısı ve teşhisine yönelik birçok çalışma yapılmış olmasına rağmen ülkemiz LMV izolatlarının tüm genom dizilimlerinin belirlenmesine yönelik bir çalışma yoktur. Bu nedenle bu çalışma kapsamında ülkemiz orijinli bir LMV izolatının (LMV-CNK) tüm genom diziliminim ortaya çıkarılması hedeflenmiştir. Gerçekleştirilen analizler sonucunda tüm genom dizilimi ortaya çıkarılan izolatın, diğer ülkelerdeki LMV izolatları ile nükleotit seviyesinde, aminoasit seviyesinde sırasıyla %82-98 ve %92-99 oranında benzerlikler gösterdiği saptanmıştır. Yapılan filogenetik analizler sonucunda ise LMV-CNK izolatının genel olarak Fransız ve Asya orijinli izolatlar ile yakın ilişkili olduğu görülmüştür. Bildiğimiz kadarıyla çalışma kapsamında ülkemizde ilk kez bir LMV izolatının tüm genom dizilimi belirlenmiş ve biyoinformatik analizleri yürütülmüştür. Bundan sonra yapılacak çalışmalarda ülkemizde daha fazla sayıda ve farklı LMV izolatlarının tüm genom düzeyinde dizilenmesi ve analizinin yapılması düşünülmektedir. Ayrıca elde edilen izolatların popülasyon düzeyinde genetik çeşitliliğinin belirlenmesi de izolatlar arasındaki farklılıkların ortaya çıkarılması açısından önem taşımaktadır. |
| format | Article |
| id | doaj-art-2446baa2cd7a4a979797516e59ee5037 |
| institution | Kabale University |
| issn | 2757-5195 |
| language | English |
| publishDate | 2022-03-01 |
| publisher | Çanakkale Onsekiz Mart University |
| record_format | Article |
| series | Journal of Advanced Research in Natural and Applied Sciences |
| spelling | doaj-art-2446baa2cd7a4a979797516e59ee50372025-02-05T17:58:10ZengÇanakkale Onsekiz Mart UniversityJournal of Advanced Research in Natural and Applied Sciences2757-51952022-03-0181263410.28979/jarnas.960829453Ülkemiz Lettuce Mosaic Virus İzolatının Tüm Genom AnaliziSavaş Korkmaz0https://orcid.org/0000-0001-8227-3800Aysun Helvacı1https://orcid.org/0000-0003-3543-5912ÇANAKKALE ONSEKİZ MART ÜNİVERSİTESİ, ZİRAAT FAKÜLTESİ, BİTKİ KORUMA BÖLÜMÜÇANAKKALE ONSEKİZ MART ÜNİVERSİTESİMarul ülkemizde birçok bölgede üretimi yapılan önemli bir sebze türüdür. Marul üretiminde sorun oluşturan çok sayıda patojen bulunmakta olup bunlardan biri de Marul mozaik virüsü (Lettuce mosaic virus, LMV)’dür. Bu virüsün ülkemizde ki varlığı farklı bölge ve illerden bildirilmiştir. Hastalığın tanısı ve teşhisine yönelik birçok çalışma yapılmış olmasına rağmen ülkemiz LMV izolatlarının tüm genom dizilimlerinin belirlenmesine yönelik bir çalışma yoktur. Bu nedenle bu çalışma kapsamında ülkemiz orijinli bir LMV izolatının (LMV-CNK) tüm genom diziliminim ortaya çıkarılması hedeflenmiştir. Gerçekleştirilen analizler sonucunda tüm genom dizilimi ortaya çıkarılan izolatın, diğer ülkelerdeki LMV izolatları ile nükleotit seviyesinde, aminoasit seviyesinde sırasıyla %82-98 ve %92-99 oranında benzerlikler gösterdiği saptanmıştır. Yapılan filogenetik analizler sonucunda ise LMV-CNK izolatının genel olarak Fransız ve Asya orijinli izolatlar ile yakın ilişkili olduğu görülmüştür. Bildiğimiz kadarıyla çalışma kapsamında ülkemizde ilk kez bir LMV izolatının tüm genom dizilimi belirlenmiş ve biyoinformatik analizleri yürütülmüştür. Bundan sonra yapılacak çalışmalarda ülkemizde daha fazla sayıda ve farklı LMV izolatlarının tüm genom düzeyinde dizilenmesi ve analizinin yapılması düşünülmektedir. Ayrıca elde edilen izolatların popülasyon düzeyinde genetik çeşitliliğinin belirlenmesi de izolatlar arasındaki farklılıkların ortaya çıkarılması açısından önem taşımaktadır.https://dergipark.org.tr/en/download/article-file/1854671benzerlikfilogenetikmarulrt-pcrvirüslettucephylogeneticrt-pcrsimilarityvirus |
| spellingShingle | Savaş Korkmaz Aysun Helvacı Ülkemiz Lettuce Mosaic Virus İzolatının Tüm Genom Analizi Journal of Advanced Research in Natural and Applied Sciences benzerlik filogenetik marul rt-pcr virüs lettuce phylogenetic rt-pcr similarity virus |
| title | Ülkemiz Lettuce Mosaic Virus İzolatının Tüm Genom Analizi |
| title_full | Ülkemiz Lettuce Mosaic Virus İzolatının Tüm Genom Analizi |
| title_fullStr | Ülkemiz Lettuce Mosaic Virus İzolatının Tüm Genom Analizi |
| title_full_unstemmed | Ülkemiz Lettuce Mosaic Virus İzolatının Tüm Genom Analizi |
| title_short | Ülkemiz Lettuce Mosaic Virus İzolatının Tüm Genom Analizi |
| title_sort | ulkemiz lettuce mosaic virus izolatinin tum genom analizi |
| topic | benzerlik filogenetik marul rt-pcr virüs lettuce phylogenetic rt-pcr similarity virus |
| url | https://dergipark.org.tr/en/download/article-file/1854671 |
| work_keys_str_mv | AT savaskorkmaz ulkemizlettucemosaicvirusizolatınıntumgenomanalizi AT aysunhelvacı ulkemizlettucemosaicvirusizolatınıntumgenomanalizi |