乳腺癌生存期相关长非编码 MAPT-AS1 及其共表达基因筛选与验证

乳腺癌生存期相关长非编码 MAPT-AS1 及其共表达基因筛选与验证

【目的】筛选乳腺癌患者生存期相关差异表达长链非编码RNA（lncRNA）及其共表达基因，并验证其乳腺癌细胞中的表达情况。【方法】通过TCGA数据库筛选943例RNA-seq数据信息：（837例乳腺癌患者+106例正常对照），发现长非编码MAPT-AS1高表达，乳腺癌患者生存期更长。构建长非编码MAPT-AS1过表达和干扰质粒，将构建好的质粒转染乳腺癌细胞株T47D，并用嘌呤霉素筛选出稳定表达的T47D细胞株，通过RT-qPCR验证长非编码MAPT-AS1及其共表达基因的表达情况。【结果】荧光显微镜观察及RT-qPCR验证，成功构建长非编码MAPT-AS1过表达及干扰稳定转染乳腺癌细胞株T47D...

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Main Authors: 许家瑞, 刘冬冬, 李贝贝, 陈梦麟, 黄凯铃, 郑周霞, 徐建华
Format: Article
Language:zho
Published: Editorial Office of Journal of Sun Yat-sen University 2019-01-01
Series:Zhongshan Daxue xuebao. Yixue kexue ban
Subjects:
乳腺癌
长链非编码RNA
共表达基因
Online Access:http://xuebaoyx.sysu.edu.cn/zh/article/43546614/
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Description
Summary:【目的】筛选乳腺癌患者生存期相关差异表达长链非编码RNA（lncRNA）及其共表达基因，并验证其乳腺癌细胞中的表达情况。【方法】通过TCGA数据库筛选943例RNA-seq数据信息：（837例乳腺癌患者+106例正常对照），发现长非编码MAPT-AS1高表达，乳腺癌患者生存期更长。构建长非编码MAPT-AS1过表达和干扰质粒，将构建好的质粒转染乳腺癌细胞株T47D，并用嘌呤霉素筛选出稳定表达的T47D细胞株，通过RT-qPCR验证长非编码MAPT-AS1及其共表达基因的表达情况。【结果】荧光显微镜观察及RT-qPCR验证，成功构建长非编码MAPT-AS1过表达及干扰稳定转染乳腺癌细胞株T47D，并筛选出干扰效率最高的长非编码MAPT-AS1干扰片段shRNA3。验证其共表达基因得到MAPT、MAPT-IT1和NXNL2在转染了干扰片段shRNA3后表达量降低，与长非编码MAPT-AS1的表达趋势一致。【结论】成功构建长非编码MAPT-AS1过表达及干扰稳定转染乳腺癌细胞株T47D，验证其和共表达基因表达情况与数据库一致，为进一步研究长非编码MAPT-AS1基因在乳腺癌中的作用机制奠定基础。
ISSN:1672-3554

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