شناسایی بیوانفورماتیک دو ویروس زعفران در ایران با استفاده از آنالیز دادههای توالییابی با راندمان بالا
زعفران (Crocus sativus) یک گیاه چند ساله با ارزش است که به طور وسیعی در ایران بعنوان یک گیاه ادویه ای و دارویی کشت می شود. بیمارگرهای متعددی از جمله ویروس ها می توانند زعفران را آلوده کرده و کیفیت و کمیت محصول را کاهش دهند. بدلیل دردسترس نبودن مواد شیمیایی ضد ویروسی بصورت تجاری، تشخیص دقیق و ق...
Saved in:
| Main Authors: | , |
|---|---|
| Format: | Article |
| Language: | English |
| Published: |
University of Tabriz
2024-09-01
|
| Series: | پژوهش های کاربردی در گیاهپزشکی |
| Subjects: | |
| Online Access: | https://arpp.tabrizu.ac.ir/article_18159_ab9e0605a10783dd7033d6761dd0a942.pdf |
| Tags: |
Add Tag
No Tags, Be the first to tag this record!
|
| Summary: | زعفران (Crocus sativus) یک گیاه چند ساله با ارزش است که به طور وسیعی در ایران بعنوان یک گیاه ادویه ای و دارویی کشت می شود. بیمارگرهای متعددی از جمله ویروس ها می توانند زعفران را آلوده کرده و کیفیت و کمیت محصول را کاهش دهند. بدلیل دردسترس نبودن مواد شیمیایی ضد ویروسی بصورت تجاری، تشخیص دقیق و قابل اعتماد یک جنبه حیاتی در مدیریت بیماری های ویروسی است. امروزه توالی یابی با بازده بالا (high throughput sequencing) به تکنولوژی رایج تشخیص ویروس های شناخته شده و نیز ویروس های جدید در گیاهان تبدیل شده است. در این مطالعه با استفاده از آنالیز توالی یابی با بازده بالا، ویروس پنهان زعفران (SaLV) و ویروس تی هسته داران (PrVT) درداده های ترانسکریپتوم حاصل از خامه زعفران شناسایی شد و ترادف تقریبا کامل این ویروس ها بدست آمد. ترادف نوکلئوتیدی SaLV 98.3 درصد یکسانی ترادف با تنها جدایه موجود در ژن بانک داشت. کمترین و بیشترین میزان یکسانی ترادف نوکلئوتیدی جدایه زعفران PrVT با تپوویروس های موجود در ژنبانک بین 42.9 درصد (ویروس تی سیب زمینی جدایه پرو) و 76.9 درصد (جدایه GR168 ویروس تی زیتون(OlVT)) بود. در درخت تبارزایی، جدایه زعفران PrVT به همراه دو جدایه OlVT از یونان و یک جدایه PrVT در یک گروه قرار گرفتند. این تحقیق، اولین گزارش از وقوع PrVT بر روی زعفران در دنیا می باشد. |
|---|---|
| ISSN: | 2383-1855 2717-3178 |