人工养殖西伯利亚狍肠道微生物组成的雌雄差异 - 刘金月 刘德凯 王璐瑶 李响 贾博文 刘艳华 (野生动物学报)
肠道微生物是一个复杂的生态系统，与宿主的健康、疾病以及其他因素有着密切的关系。目前，关于肠道菌群结构和功能的研究较多，但是对西伯利亚狍肠道菌群的研究还未见报道。西伯利亚狍（Capreolus pygargus）属于反刍动物，有独特的消化特性和微生物群来帮助它们适应高纤维的食物。本研究利用高通量测序技术在Illumina MiSeq平台上对14只狍肠道微生物进行16S rRNA基因分析。结果表明：个体样本中门类组成的差异，雌性个体JY3和雄性个体JY9除Firmicutes，Bacteroidetes，Proteobacteria这3类菌群外，其他门类菌群所占比例都很低。在科水平上，雌性个体中Ruminococcaceae在JY7和JY13肠道内含量相对较少，Bacteroidaceae在JY7，JY10和JY13中含量较高。雄性个体中Ruminococcaceae在JY11和JY14肠道内含量较少，Prevotellaceae在JY4中含量较少。在属水平上，雌性个体特有的菌属为Roseburia，Alloprevotella，Lachnospiraceae_incertae_sedis和Coprococcus；雄性个体特有的菌属为Fusobacterium，Succiniclasticum，Streptococcus和Clostridium sensu stricto。Alpha多样性分析表明，Ace指数范围212893—77298，Chao1指数范围212889—78527，Shannon指数范围544—378，Simpson指数范围007—001。在不同物种分类水平上，雌雄狍肠道内的优势菌群有些不同。PCoA（principal coordinates analysis）分析显示，狍样本几乎混在一起，没有明显差异。