РАСКРЫТИЕ РЕГУЛЯТОРНОГО ПОТЕНЦИАЛА МИКРОСАТЕЛЛИТНЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ IN SILICO В GLYCINE MAX (L.) MERR. - Пензин А.А.; Тимкин П.Д. (Journal of Bioinformatics and Genomics)
Цель проделанной нами работы состояла в выявлении регуляторного потенциала микросателлитной некодирующей ДНК в отношении экспрессии генов. SSRs (Simple Sequence Repeats), в настоящее время используются для картирования и поиска генов, определения родства, системы баркодинга. Долгое время считалось, что эти последовательности не участвуют в наследовании признака или его регуляции. Однако на сегодняшний день выявлены некоторые механизмы влияния некодирующих последовательностей на регуляцию экспрессии генов. Одним из таких механизмов являются участки ДНК, которые способны к связыванию с факторами транскрипции, называемыми энхансерами. Некодирующие участки генома растений, в частности соевых бобов, изучены слабо, и общее количество обнаруженных энхансерных последовательностей очень мало. Биоинформатический анализ известных SSRs у Glycine Max позволяет in silico обнаруживать предполагаемые регуляторные участки генома. Приведенная выше информация указывает на актуальность темы. В ходе проведенных исследований с использованием алгоритма iEnhancer-2L среди 935 SSRs, представленных в базе данных SOYBASE, был найден 101 возможный энхансер, из которых было отобрано 8 SSRs с большим количеством сильных энхансеров. В числе этих SSRs с помощью Unipro UGENE и пакета Sitecon было обнаружено 6 которые имели консенсусные сайты с факторами сайтов связывания транскрипции. Полученные данные будут полезны не только теоретически, но и как стратегия ускорения процесса селекции. Благодаря возможности поиска механизмов воздействия на участки, регулирующие уровень экспрессии генов, ответственных за полезные признаки.