مطالعه مقایسه ای پروفایل بیان ژن و بیان اختصاصی آللی در سه بافت قلــب، عضـــله اسکلتی و طحـــال خروس های سازگار پرورش یافته در شرایط جغرافیایی کم ارتفاع و مرتفع مبتنی بر پایگاه های با دسترسی آزاد داده های RNA-Seq - مینا سلیم پور; سید ضیاءالدین میرحسینی; محمد حسین بناءبازی; شاهرخ قوتی; مجید خان سفید (تحقیقات تولیدات دامی)
پژوهش حاضر بهمنظور بررسی مقایسهای پروفایل توام بیان ژن و الگوی بیان اختصاصی آللی (ASE) در سه بافت قلــب، عضـــله و طحـــال خروسهای پرورشیافته و سازگار به مناطق کم ارتفاع و مرتفع مبتنی بر پایگاههای دادههای RNA-Seq با دسترسی آزاد انجام شد. بدین منظور، مجموع دادههای ترانسکریپتوم برای 54 خروس در سه بافت مورد اشاره از راه همردیفی و نقشهیابی خوانشهای خام RNA-Seq روی توالی کل ژنوم مرجع مرغ اهلی با استفاده از نرم افزار TopHat2 مورد مطالعه قرار گرفت. همچنین، تجزیه و تحلیل بیان افتراقی ژن میان خروسها با استفاده از نرم افزار cufflinks،2260 ژن دارای تفاوت بیان را در دو منطقه جغرافیایی نشان داد (0002/0P=). شناسایی و یافتن چندشکلیهای تک نوکلئوتیدی (SNP) با استفاده از بسته نرم افزاریSamtools ، به فهرستی شامل تعداد 475996، 388224 و 1169394 SNP بهترتیب در بافتهای قلب، عضله و طحال انجامید. پس از انجام آزمون کای اسکوئر، 48906 (3/10%)، 28529 (3/7%) و 76251 (5/6%) SNP بهعنوان  ASE-SNP در بافتهای قلب، عضله و طحال مشاهده شدند (05/0P<). مقایسه پروفایل بیان ژن و ASE-SNPهای کشف شده در سویههای سازگار با محیطهای پرورشی متفاوت از نظر ارتفاع میتوانند برای شناسایی جهشهای مقاومت در برابر بیماریهای مرتبط با پرورش در محیطهای مختلف مورد استفاده قرار گیرد. در مجموع، نتایج این مطالعه میتواند روشی موثر و کارآمد و منبع جدید و مطلوبی را برای انتخاب، پیشروی متخصصان اصلاح نژاد دام و طیور قرار دهد.