利用Illumina MiSeq测序平台分析健康与腹泻食蟹猴粪样菌群 - 张飞燕 1 金洁 1 刘超 1 胡正飞 1 张玉林 1 谢丽分 1 邬继文 1 吕龙宝 1 (野生动物学报)
本试验通过对比健康与腹泻食蟹猴粪便菌群的差异，初步探讨腹泻对食蟹猴粪便菌群的影响。采集成年腹泻与健康食蟹猴粪样各6份，用细菌16Sr DNA通用引物扩增V3—V4 区，采用Illumina MiSeq测序平台对食蟹猴粪便微生物进行研究。结果表明，Alpha多样性指数分析，健康组与腹泻组的微生物多样性指数（Shannon、Simpson）差异不显著，群落丰富度指数（Chao、Ace）差异显著。PCA主成分分析，健康组与腹泻组粪便菌群具有明显的差异。通过对健康组与腹泻组物种菌群组成分析，运用MetaStat方法分析，与健康组相比，腹泻组的芽孢杆菌纲、乳酸杆菌目、乳酸杆菌属含量显著降低（P<005），腹泻组Subdoligranulum属显著升高（P<005）。LEfSe（LDA Effect Size）分析（LDA阈值为1），乳杆菌目，芽孢杆菌纲，乳杆菌科，乳酸杆菌属在健康组中显著富集，弯曲杆菌科，弯曲杆菌属在腹泻组显著富集。与健康食蟹猴相比，腹泻食蟹猴微生物区系中的一些菌群发生变化，菌群结构有差异但不显著（P>005），腹泻食蟹猴菌群结构有简单化的趋势。